Las decisiones del jugador tendrán un impacto sobre el final del juego, dando lugar a 3 rutas:

Neutral

Es el final por defecto, resultado de matar más de un monstruo, incluyendo jefes, incumpliendo los requisitos para los otros dos finales que son exterminar a todos o no matar a ninguno. El final variará dependiendo de las acciones del jugador sobre a quién haya matado. La mayoría de los jugadores logran completarla. Sans interrumpe el juego para verificar el nivel y los puntos de exterminio de los jugadores, pero se considerará técnicamente ruta pacifista si los jugadores no han matado monstruos. Si se completa cualquier ruta que no sea genocida y derrota a Asgore una vez, Flowey interrumpe el juego, matando a Asgore en el proceso y robando las 6 almas para convertirse en un Flowey photoshopeado, además de cerrar el juego a propósito. Es posible eliminar a Flowey, pero es posible saltar la batalla en futuras rutas neutras.

Pacifista

Esta ruta es desbloqueable si el jugador hace al menos una vez la ruta neutra y para conseguir el final, el jugador no debe matar a ningún monstruo y conseguir la amistad de todos los personajes. Es posible encontrar nuevos secretos y puede cambiar de jefe final. Este tendrá un final feliz siendo el “final verdadero”, en el que todos los monstruos suben a la superficie y viven en paz con los humanos.

Genocida

Al contrario que la ruta pacifista, se debe acabar con un número determinado de monstruos en cada zona del videojuego antes de encontrase con el jefe. Si se cumple con este requisito, se avisará al jugador de que ha alcanzado ese número haciendo aparecer la pantalla de batalla con la oración “Pero no vino nadie.”, cambiando la música de fondo y sustituyendo el texto de los puntos de guardado por una única palabra: “determinación”. Esto lleva a un final apocalíptico donde se llega a la extinción de los monstruos malos. Sans interrumpe el juego para enfrentarse a los jugadores justo antes de entrar a la habitación de Asgore. Chara revive justo antes de que los jugadores se enfrentara a Asgore, controlando a los jugadores en el proceso y destruirá el universo sin importar la elección del jugador, además de cerrar el juego a propósito. Los jugadores, si le entrega el alma a Chara después de 10 minutos, restablecerá el universo, pero corrompe futuras rutas pacifistas.